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一、住院合作医疗怎么报销流程

1、本地医疗卡：如果大家是本地医疗卡的话，在住院之前就需要先录入社保身份，然后出院的时候就可以直接办理出院手续，刷卡的时候也会进行社保结算。

2、异地医疗：如果是异地医疗，那我们在住院期间产生的费用只能够自己先行垫付并且结算，得到发票以后再拿着相关的材料去相关的部门报销。

3、特殊病种门诊报销：需要我们出具相关的检查报告资料，同时要向新农合社保中心申请，等到审核批准了以后才可以报销相关的医药费用。

二、住院合作医疗报销比例是多少

1、如果是在镇级卫生院治疗，报销的比例是60%。

2、如果是在二级医院治疗则可以报销40%。

3、如果是在三级医院治疗，则可以报销30%。

在报销的时候大家要注意，并非所有的医疗项目都能够按照上述的比例来报销，比如有一些检查项目是只能够报销限额以内的，心电图、CT等都只能够报销200元，如果在200元以上就要自己承担。对于手术费，有1000元的起付线，也就是说在1000元以上的费用可以根据相关的标准报销。